经专家考证，明清客栈是清代早期的客栈，店主是谁已无从考证。这里紧靠水码头，人来人往不愁客源；又挨着湖广会馆，会馆里住不下、住不了的宾客，可能会选择来这里落脚。
但乱搭乱建破坏了明清客栈的原貌。经过专业人员清理，专家基本确定了客栈的结构：两层楼的小院，总建筑面积500多平方米，前后各有一个天井，整个院落布局彷佛一个“日”字形。房间共有13间左右，大的约14平方米，小的约8平方米。正门进口处的大厅，也只有二十几平方米。
据介绍，施工方将努力恢复客栈原汁原味的古建筑风格，为此他们采用了“不下架”的复建方式，将完好的石门、抬梁、柱础保留在原地，在此基础上修复。但是，客栈内部仍然会装上空调、抽水马桶等现代化设施。
